เนื่องจากโรคแผลในกระเพาะอาหารเป็นโรคเรื้อรัง บางครั้งอาจไม่หายเร็ว แต่เมื่อไม่หาย สิ่งที่แพทย์ต้องตรวจสอบ คือ ผู้ป่วยได้รับประทานยาตามสั่งหรือไม่ ได้ปฏิบัติตัวเหมาะสมหรือไม่ ถ้าเหมาะสมแล้ว ต้องทบทวนการวินิจฉัยใหม่ เพราะ อาจจะเป็นโรคอื่น ๆ ดังกล่าวข้างต้น เมื่อรักษาไปแล้ว 4-6 สัปดาห์ ซึ่งอาจต้องค้นหาสาเหตุเพิ่มเติม เช่น การอัลตร้าซาวด์ การเอกซเรย์กลืนแป้ง หรือ ส่องกล้องตรวจในกระเพาะอาหาร เพื่อดูให้เห็นลักษณะในกระเพาะอาหาร และวิธีหลังนี้ ยังสามารถตรวจสอบว่ามีการติดเชื้อ Helicobacter pylori ในกระเพาะอาหารหรือไม่ เพื่อจะได้ให้ยาฆ่าเชื้อร่วมด้วย
แต่บางครั้ง แพทย์อาจจะต้องให้เอกซเรย์กลืนแป้ง หรือ ส่องกล้องตรวจในกระเพาะอาหารเลย โดยไม่ต้องรอให้ยาก่อนในผู้ป่วยบางราย กรณีที่สงสัยว่า อาจจะเป็นโรคอื่น ๆ หรือ อาการเกี่ยวข้องกับมะเร็ง หรือ มีโรคแทรกซ้อนของแผลแล้ว ได้แก่ เริ่มมีอาการเมื่ออายุมากกว่า 40 ปี น้ำหนักลด ปวดรุนแรงตอนกลางคืน ตรวจพบว่าซีดหรือมีเลือดออกให้เห็นชัดเจน อาเจียนบ่อย กลืนลำบาก ตาเหลืองตัวเหลือง แพทย์คลำได้ตับโต ม้ามโต หรือก้อนอื่น ๆ ในท้อง มีประวัติครอบครัวเป็นโรคมะเร็งของทางเดินอาหาร ซึ่งผู้ป่วยกลุ่มนี้ แพทย์จะต้องดูแลเป็นพิเศษ และต้องตรวจเพิ่มเติมทันที ที่มาหาครั้งแรก