การยืนยันการวินิจฉัยที่ดีที่สุดและใช้กันทั่วไป คือ การเจาะเลือด และย้อมดูเชื้อมาลาเรียด้วยกล้องจุลทรรศน์ ซึ่งบางครั้งการเจาะเลือดครั้งเดียว อาจไม่พบเชื้อ ถ้ามีอาการชวนสงสัยและมีประวัติเข้าป่า แพทย์อาจต้องเจาะเลือดซ้ำ โดยเวลาที่เหมาะสม คือเวลาที่มีไข้สูงหนาวสั่น หรือก่อนเวลาดังกล่าวเล็กน้อย จะมีโอกาสพบเชื้อมากขึ้น
เมื่อพบว่าเป็นมาลาเรียแล้ว แนะนำให้นอนโรงพยาบาล
โดยเฉพาะผู้ที่ไม่เคย
เป็นมาลาเรีย
มาก่อนเพราะผู้ป่วยกลุ่มนี้มักมีอาการรุนแรง
และต้องให้ยาฉีด
ทางหลอดเลือดดำ เพราะส่วนใหญ่มักจะกินไม่ได้ คลื่นไส้อาเจียน แพทย์จะให้ยาต้านมาลาเรีย ที่นิยมใช้กันอยู่ทั่วไปในการรักษามาลาเรีย ชนิดฟาลซิปารัม คือ ควินินร่วมกับเตตร้าซัยคลิน นอกจากนั้นยังมียากลุ่มใหม่ที่ใช้ได้ผลดี คือ อาร์ทีซูเนท และ อาร์ทีมีเทอร์ ข้อสำคัญ คือ ผู้ป่วยต้องได้รับยาจนครบ ถูกต้อง
เพื่อป้องกันการเกิด
เป็นซ้ำและเชื้อดื้อยาได้
ส่วนมาลาเรีย ชนิดไวแวกซ์ อาการไม่รุนแรงและไม่มีโรคแทรกซ้อนมาก การรักษาจะใช้ยากิน คือ ยาคลอโรควินร่วมกับยาไพรมาควิน ซึ่งจะต้องกินจนครบ 2 สัปดาห์ เพราะเชื้อชนิดนี้ จะหลบซ่อนในตับ และออกมาทำให้เป็นไข้มาลาเรียอีกได้ หลังจากเป็นครั้งแรก 6-12 เดือน โดยไม่ได้รับเชื้อใหม่ จากภายนอกก็ได้
นอกจากนั้น แพทย์จะต้องระวังอาการแทรกซ้อนต่าง ๆที่สำคัญ คือ ภาวะน้ำตาลในเลือดต่ำ โดยเฉพาะผู้ป่วย ที่กินไม่ได้ หรือมีดีซ่านเหลืองหรือในเด็ก อาจต้องเจาะเลือดวัดระดับน้ำตาลในเลือดเป็นระยะ เพื่อให้น้ำตาลได้ทัน ถ้ามีไตวาย ก็ต้องล้างไต ถ้ามาลาเรียขึ้นสมอง ก็อาจต้องใส่เครื่องช่วยหายใจ และให้ยากันชัก ซึ่งโรคแทรกซ้อนเหล่านี้ ถ้าผู้ป่วยหายจากมาลาเรียได้ ก็จะกลับคืนปกติ